自動化立體倉庫的同樣存在缺點：
　　1、由于自動化立體倉庫的結構比較復雜，配套設備也比較多，所以需要的基建和設備的投資也比較大。
　　2、貨架安裝精度要求高，施工比較困難，而且工期相應較長。
　　3、存儲彈性小，難以應付高峰的需求。難以應付包裝多類型的倉儲需求。
　　4、對可存儲的貨物品種有一定限制，需要單獨設立存儲系統用于存放長、大、笨重的貨物以及要求特殊保管條件的貨物。
　　5、自動化立體倉庫的高架吊車、自動控制系統等都是技術含量極高的設備，維護要求高，因此必須依賴供應商，以便在系統出現故障時能得到及時的技術援助。這就增強了對供應商的依賴性。
　　6、對建庫前的工藝設計要求高，在投產使用時要嚴格按照工藝作業。
　　7、過度依賴自動化也會有很大的風險，比如當意外停電，夏季限電，或者系統意外當機的時候怎么辦?