水果和蔬菜采摘后仍為有生命體，果實組織中仍進行著活躍的新陳代謝過程，對微生物的侵入有抗御能力。但當這種生命體發展到后期即過熟階段，新陳代謝會逐漸變慢甚至停止，果實成份與組織均發生了不可逆轉的變化，使其失去營養價值和特有風味，在微生物作用下開始腐爛。
水果和蔬菜的呼吸實質上是果實內有機物緩慢地氧化。在有氧條件下，果實內作為基質的糖、有機酸以及復雜的碳水化合物被完全氧化分解為二氧化碳、水和熱量，維持正常的生命活動。在缺氧條件下，果實內的基質不能完全氧化分解，只能產生結構比較簡單的化合物如乙醇、乙醛等和少量的熱量。缺氧呼吸果實為獲得與有氧呼吸同樣多的能量，就必須氧化更多的呼吸基質，即消耗更多的貯藏物質，使果實質量變差，縮短貯藏期。
水果和蔬菜呼吸還產生水量乙烯和其他微量氣體。乙烯誘發果實呼吸強度升高，從成熟進入完熟。乙烯是果實成熟的啟動物質，是一種催熟劑，不僅加快成熟速度，而且均勻改變成熟過程。但乙烯也有許多不利影響，如：①在儲薦期間不希望的加速成熟；②加速某些未成熟的果實（黃瓜、南瓜等）和多葉蔬菜枯黃、失去綠色；③在萵苣上產生黃褐色斑點；④刺激或抑制土豆發芽，這取決于乙烯的濃度和時間；⑤蘆筍變硬。
保證水果和蔬菜新鮮的高質量運輸不僅要控制乙烯，還要控制二氧化碳、水汽和呼吸發出熱量造成的損壞。
一般情況下低溫可降低水果和蔬菜的呼吸強度，但也使它們由于生理失調而造成凍害，因此應正確設置溫度。
