弊端是會造成系統庫存數量的混亂。由于沒有及時做入賬，系統在過賬的時候就會出現各種錯誤問題，等過了幾天再做入賬的時候，當事人就沒辦法把當時系統里的錯誤情況再修正，從而導致系統庫存和實物對不上了。
在做庫存盤點的時候必然會造成大量的庫存差異，由于相隔時間長了，這些差異是很難解釋清楚的。
將貨物擱置在運輸工具而不入庫
這種情況以進口原料為主，具體的操作方式是進口貨物到港后，先不急于運到公司，而是存放在貨代或是卡車公司的倉庫里。等到生產需要使用這些原料的時候，再從倉庫里提貨。這些貨代和卡車公司的小倉庫儼然是成了企業的額外的倉庫，貨物存放在那里又可以不入賬。
這種做法的問題在于會產生額外的倉儲費用，而且也不利于貨物的存儲保管。并不是一個提供給貨主長期存放貨物的場所。特別對于一般有溫濕度要求的貨物是沒辦法保障存儲條件的，長期存放可能導致貨物失效，變成廢品。
