冷鏈網絡建設有差距
片段分散方式的冷鏈系統，往往使得冷鏈標準無法連貫的執行，全過程冷鏈溫度的記錄無法發揮作用，冷鏈的交接過程比較復雜。應該向美國冷鏈協會那樣，提倡并著手建設全美國的冷鏈中心樞紐。
冷鏈標準建設不及時
水產品冷鏈物流在管理上缺乏統一的作業標準，如：裝卸速度、作業流程、檢驗驗貨制度以及運輸、倉儲、配送、銷售各環節低溫對接要求等作業方面缺乏標準，使得中國大部分水產品銷售環境不能控制在冷鏈溫度之下。對各大類水產品的產品溫度、濕度指標及儲存期限，冷鏈標準建設不及時，不能具體提供一個科學統一的推薦范圍。
冷鏈配置建設不完整
在一般的菜市場上冷鏈配置建設不完整，水產品物流設備比較落后，冷凍水產品運輸方式采用人力黃魚車還相當普遍，因此，水產品的品質損失比較大。冷鏈體系配置只能依賴于城市化的提高，農村是很難做到的。在運輸過程中還缺乏統一化的包裝配置和物流形態，例如裝有活魚類的運輸桶內3/4裝水，只有1/4才是活魚產品，無疑提高了水產品物流成本。
冷鏈增值效應不明顯
冷鏈物流要實施全程溫度控制管理，必須依靠先進的信息技術作為支撐。還要加強水產品保鮮庫、冷藏庫的建設，增加溫控設備。冷鏈物流投入比較大，而水產品屬于低價產品，通過冷鏈物流服務過程的增值效應不明顯，經營水產品冷鏈物流風險較大。
