OMS=訂單管理系統，WMS=倉庫管理系統，TMS=運輸管理系統。
企業信息系統無非管理三個要素：人、財、物。對于這三個系統，只要抓住物這條主線就能理清楚。
ERP發起建立商品的采購或銷售訂單，商品訂單信息至WMS做出庫入庫，商品信息至TMS做運輸管理。
中間某個流程和第三方有交互，根據題主信息（WMS，TMS之間有OMS做轉接），所以應該是采購銷售訂單的生成和運輸過程，有第三方參與進來。
WMS處理企業內部的倉庫管理，與第三方關系不大。第三方一般并不關心一個貨物是在這個貨架還是在那個貨架，只關心貨物是否發出，運輸到哪了（TMS的作用）。
以上大概是這么幾個系統的關系。
最后關于做系統對接，和開發語言是.net還是java關系不大；一般有通用的接口類型，如webservice、xml-rpc、socket等。這方面可以找原開發廠商增加接口，如果有源代碼的話，因為都是通用的技術，也可以找第三方開發。